Основан през 1889 г., когато Княз Фердинанд представя своите колекции от препарирани птици, бозайници и пеперуди, днес музеят е най-богатият от природонаучните музеи на Балканския полуостров с почти милион и половина музейни единици - образци от световното природно наследство. При преструктур